O núcleo populacional de Rio de Contas surgiu no final do século XVII, quando viajantes vindos de Goiás e do norte de Minas a caminho de Salvador fundaram um pequeno povoado, que tomou o nome de Creoulos. Este povoado se localizava na Serra das Almas, à margem do Rio de Contas Pequeno (Rio Brumado), e nele foi construída uma capela sob invocação de Senhora Sant'ana.

A descoberta de veios auríferos no atual Rio Brumado e seus tributários atraiu grande número de garimpeiros, bandeirantes e mineradores que, explorando as cercanias, fundaram, três léguas acima, a 1.450m de altitude, outra povoação, Mato Grosso. Com o desenvolvimento da mineração e o incremento populacional, Mato Grosso prosperou, tornando-se, em 1718, a primeira Freguesia do Alto Sertão Baiano (Sertão de Cima), com a denominação de "Freguesia de Santo Antônio do Mato Grosso".

No início do século XVIII, os Jesuítas construíram, 12 km abaixo do povoado de Creoulos, outra igreja, que originou, em 1724, a "Vila de Nossa Senhora do Livramento das Minas do Rio de Contas", por força da Carta Real de 27 de Novembro de 1723, do rei Dom João V, de Portugal, ratificada por Provisão Real de 09 de Fevereiro de 1725. Devido às enchentes e "febres de mau caráter", a vila foi transferida, por Provisão Real de 02 de outubro de 1745, para o povoado de Creoulos, que veio a se tornar a "Vila Nova de Nossa Senhora do Livramento das Minas do Rio de Contas" em 1746, por ordem do então Vice-Rei Dom André de Melo Castro Conde de Galvêas.

Transferida a sede da vila, o governo da Metrópole determinou a construção dos prédios da cadeia pública, intendência municipal, casa de fundição a a instalação do pelourinho simbólico, do qual podem ser vistos no Arquivo Municipal a base e o capitel. Em 1840, o Município teve seu nome simplificado para Minas do Rio de Contas, e, mais tarde, em 08 de julho de 1931, passou a ser chamado simplesmente de "Rio de Contas".

Originariamente, o Município abrangia 82 distritos municipais, extremando-se com Jacobina e o Rio São Francisco; com a criação de novos municípios, porções de área foram sendo perdidas. Os primeiros municípios desmembrados foram Barra do Rio de Contas (Itacaré) e Vila Nova do Príncipe (Caetité). Mais tarde, Mucugê, Paramirim e Bom Jesus do Rio de Contas (Piatã). Por fim, em 1921, foi desmembrada Vila Velha, hoje Livramento de Nossa Senhora. Atualmente, o município se compõe de Rio de Contas (distrito-sede), Marcolino Moura e Arapiranga.